对于有病症的成年鸽子，每天早晚各一次甲硝唑，每次剂量按二分之一片喂，3天一个疗程；对于有病症的幼鸽，则要减轻甲硝唑剂量，每天两次，用甲硝唑水溶液清理幼鸽口腔，治疗期间将幼鸽与父母鸽分开，避免幼鸽吃到双份药量。
如果是为了预防毛滴虫病、幼鸽衣原体菌、阿米巴痢疾等疾病，幼鸽可以每天一次甲硝唑，每次提供六分之一片，2天为一疗程；成年鸽子也是每天一次，每次四分之一片，2天一个疗程。为了预防毛滴虫病，也可以将甲硝锉片水溶液每半个月喂一次鸽子，一片药用三斤水融化。
甲硝唑对鸽子毛滴虫病的治疗有很好效果，但给鸽子喂甲硝唑时，不能同时喂土霉素，如果同时服用会大大降低药效。另外，是药三分毒，甲硝唑也有副作用，为了避免残留毒素危害鸽子身体，造成肝肾损伤，所以在给鸽子服用甲硝唑时补充一些排毒药物，比如甘草片、维生素C等，连续服用3-5天，帮助鸽子排出体内毒素，降低甲硝唑的副作用。
